forgemia.inra.fr
umr-gdec/agr-ancestral-genome-reconstruction
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umr-tetis/stac/stac-notes
Share some notes and scripts on the use of STAC.
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in-wop/vgest
VGEST is software developped in Pascal which serve to calculate water volume limits to be respected in reservoirs set up in parallel on a hydrographic network, to allow the best future satisfaction of a common downstream management objective.
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get-nextflow-ngl-bi/wf-illumina-nf
Pipeline Nextflow
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inter_cati_omics/hackathon_inter_cati_decembre_2022/atelier_4_si_brapi/hackathon-brapi
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jt/presentation-vue
https://j-touchais-pages.pages.mia.inra.fr/presentation-vue
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metexplore/metexplore-api/metexplore3-nodejs-api
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inter_cati_omics/hackathon_octobre2021/atelier_repro
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migale/dubii_magali_monnoye
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metagenopolis/eskrim
ESKRIM: EStimate with K-mers the RIchness in a Microbiome
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donesolweb4/donesol-user
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formationcalcul2023/formation-slurm
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adminforgemia/doc-public
Dépôt public de documentations pour les utilisateurs de ForgeMIA. Contact : support-forgemia@inra.fr
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gravit/gbs
All scripts concerning GBS analysis
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miat-com/miat_website
[Site web de MIAT](https://miat.inrae.fr), avec wowchemy (hugo). Pour voir vos modifications après un commit, la preview du site web est là : https://miat-com.pages.mia.inra.fr/miat_website Assignez vos merges requests pour qu'elles soient passés sur le "vrai" site web, à votre correspondant d'équipe : @benjamin.linard, @gauthier.quesnel, @philippe.bordron ou @rtrepos
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singularity/bioinfo/bwa_v0.7.17
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singularity/bioinfo/fastqc_v0.11.8
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urep/dev_utils/gitlab-project-templates/r-package-project-template
A Gitlab project template for an R package. Use it as a base for a new R package project. See README for details.
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lisc/gender-diff-model
https://lisc.pages.mia.inra.fr/gender-diff-model/ Web application for playing with the gender differenciation model published by S. Huet, F. Garguilo and F. Pratto in 2020.
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asm4pg/GenomAsm4pg
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singularity/prebuilt/miniconda3-py39
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formationcalcul2022/formation-linux
Initiation à linux
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dynamo/introduction-to-modelling-in-epidemiology
Introduction à la Modélisation en Épidémiologie Animale
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urep/dev_utils/gitlab-ci-templates
Some templates useful for Gitlab CI Yaml scripts.
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mathscell/vkvh
kvh viewer
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singularity-mesolr/acta-cfd-1.0.0
Container pour l'équipe ACTA composé de incompact3d, PALM, WRF et OpenFoam en Ubuntu 18.04. Johan Carlier, Laurence Wallian
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urep/dev_utils/fortran_utils/netcdf
Library to manage in Fortran machine-independent data formats that support the creation, access, and sharing of array-oriented scientific data.
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geapsi/pipeline/specifics_ortho_kb
Nextflow pipeline creating a Neo4j Ortho_KB database.
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metexplore/cbm/pva
pathway variability analysis using the miom library
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migale/metabarfood
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dipso/eosc-pillar/dataverse-d4science-connector
Connecteur permettant les échanges de données entre dataverse et D4Science (https://www.d4science.org/)
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inter_cati_omics/hackathon_octobre2021/shinyDataScience
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umrf/exploremetabar-docker
Docker recipe for exploremetabar Shiny App.
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migale/trainings
Repository of Migale trainings https://trainings.migale.inrae.fr/
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inter_cati_omics/hackathon_octobre2021/hackathon_datascience_2021
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pole-migrateurs/Acoustic/acoustic-gui
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dipso/kubespray
Fork from https://github.com/kubernetes-sigs/kubespray.git
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dynamo/software/emulsion-training
On-line doctoral training on EMULSION
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umr-astre/rvf_mrt
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dipso/helm-charts-sill
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umr-gdec/wheatdata
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singularity/bioinfo/sambamba_v0.7.1
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umr-tetis/stac/simplestac
STAC tools to simplify STAC use: local STAC creation, filter and process STAC ItemCollections (local and remote). __[Documentation](https://umr-tetis.pages.mia.inra.fr/stac/simplestac)__
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bsv/corpus-bsv
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umr-astre/arbocartoR
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metagenopolis/benchmark_mock
Benchmark second and third generation sequencing technologies on 3 synthetic microbial communities
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dipso/logigrammes-ouverture
Logigrammes produits par la DipSO et la DAJ INRAE permettant d'identifier les conditions possibles d'ouverture des données et codesscientifiques.
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cropmetapop/CMPynalyser
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umr-astre/notification-delays
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umr-astre/training/2023_lidiski_data-management
Workshop on data management. https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/training/2023_lidiski_data-management/
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pegase/pegase-fair
FAIR-DATA management application stack for laboratory experiment
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urfm/sureau_shiny
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metexplore/met4j-group/tutorialmet4j
Tutorial for met4j
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GNet/appinetwork
Construction and Analysis of Protein-Protein Interactions (PPI) NETWORKS for complexes and biological processes
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GNet/einkorn_grain_transcriptome
Transcriptomic results of the projet of Bonnet et al
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umrf/ranomaly
https://umrf.pages.mia.inra.fr/ranomaly/
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sk8/sk8-apps/ettis/shinyidea
ShinyIDEA permet d'insérer un fichier de données issues de la méthode IDEA4 et de visualiser des premiers résultats synthétiques avant d'exporter des rapports complets sous différents formats. https://shinyidea.sk8.inrae.fr
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umr-gdec/gps
Scripts used in: "Integration of genomic selection into winter-type bread wheat breeding schemes: a simulation pipeline including economic constraints" S. Ben-Sadoun, A. Fugeray-Scarbel, J. Auzanneau, G. Charmet, S. Lemarié, S. Bouchet
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beyond/beyond-vre/dataflow-beyond
R scripts for Geonetwork metadata feeding. The scripts are based on the geometa ISOMetadata and geonapi examples given by Emmanuel Blondel (Emmanuel Blondel. (2018, August 22), Blondel, Emmanuel. (2018, April 27)).
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umr-astre/guidelines/statstips
Source repository for https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/guidelines/statstips/
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gqe-base/coda
Published version of CODA (Crossover Distribution Analyzer) with graphical interface, for Linux, Mac, and Windows
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umr-astre/guidelines/doc-references
Dépôt publique de documentation de référence sur logiciels, méthodes ou pratiques pour les chercheurs, collaborateurs et étudiants de l'UMR ASTRE. Contact : facundo.munoz@cirad.fr
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abisoft-gqe/metaqtl
MetaQTL is a Java package designed to perform the integration of data from the field of gene mapping experiments (e.g molecular markers, QTL, candidate genes, etc...). This package consists in a modular library and several programs written in pure Java. These programs can perform various tasks, including formatting, analyzing and visualizing data or results produced by MetaQTL.
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metagenopolis/journal_simulations
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hydrodemos_public/demosbagoffloods
Pages web interactives, test
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genotoul-bioinfo/dgenies-docker
Docker files to test and deploy dgenies
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formations-statistique/statswithasterics
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blockchain-esr/bloxberg-certify-metadata
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sk8/sk8-apps/metexplore/samba
SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats. https://samba.sk8.inrae.fr/
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cassiopee/nghyd
Angular interface of the Cassiopée software Production version of Cassiopée is available at https://cassiopee.g-eau.fr
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pole-migrateurs/ore-diapfc/bresle/length-of-sea-trout-returns
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ecoelec/ecoelecAnalysis
Doc : https://ecoelec.pages.mia.inra.fr/ecoelecAnalysis/index.html
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dipso/hal-inrae/alienor
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umr-astre/CameroonBatEbola_Public
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herelles/herelles-corpora-builder
Automatic protocol for the constitution of spatio-temporal and thematic corpora for the Herelles project.
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metexplore/metexplore-api/metexplore3-api-types
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get-plage_public/ngs_tools
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inter_cati_omics/hackathon_octobre2021/django-vue-interface
Interface en vue.js pour l'atelier Django-vue 2021.
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pherosensor/pherosensor-toolbox
Toolbox for the inverse problem solution to identify sources of pheromone emission.
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birdnet/FlywayNet_experiments
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biocom/data_paper_rmqs1_16s
Datapaper describing dataverse collection on RMQS1 microbiological dataset (The French Soil Quality Monitoring Network). https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/rmqs_microbio
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pappso/libpwizlite
A library that contains a subset of the ProteoWizard libpwiz library with code mainly aimed at loading MS files (XML-based and MGF).
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pappso/pappsoms-tools
set of usefull mass spectrometry and proteomics utilities used by the PAPPSO team (http://pappso.inra.fr/). Get ion tables from peptides, SVG drawings of MS/MS annotated spectrum, expected intensity ratio of isotopes from a peptide....
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metexplore/tools/twin-search
Tool for 'Twin Peaks' analysis, detecting pairs of heavy & native forms of compounds in mz data
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PO2-Tools/po2-engine
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sk8/sk8-apps/gqe/shinyteach/gqe-evolexp
https://gqe-evolexp.sk8.inrae.fr
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urep/dev_utils/fortran_utils/docker-fortran-intel-compiler
Docker image with Intel Fortran Compiler (and some other dev tools).
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singularity-mesolr/r-stan-nguyent
R-stan for Meso@LR (Truong An Nguyen)
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phenobois/cavisoft
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game-theory-tools-group/nash-eq-wilson-to-binder
A Dockerfile exposing to binder the Nash Eq Wilson
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game-theory-tools-group/gtnash
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stacomi/stacomirtools
Database connection utilities, RODBC and pool
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