agap/galaxy/wrappers

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agap/workflows/rna_seq

A Snakemake workflow for producing count matrix suitable for differential expression analysis and formatted for DIANE.

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agap/bioinformatics/training_teaching/muse_lmd5_bioagro_ue_haa906v_bogc/2022_student

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agap/workflows/GATK

A snakemake workflow for SNP Calling using GATK4

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agap/giv/GPfunctional

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agap/workflows/comparativegenomics

A Snakemake workflow to identify syntenic blocks and orthogroup for a set of species

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agap/workflows/funcannotate

# A snakemake workflow for functional annotation

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agap/bioinformatics/training_teaching/operating_method

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agap/workflows/genomeassembly

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agap/giv/GPGxE

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agap/workflows/bs-seq

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agap/workflows/gene-family

A snakemake workflow for phylogenetic analysis of protein families

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agap/workflows/cutandtag

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agap/workflows/snakeblast

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agap/workflows/indexing_genome

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agap/giv/sorghum_bcnam_analysis

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agap/workflows/cactus-pangenome

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agap/bioinformatics/training_teaching/muse_lmd5_bioagro_ue_haa906v_bogc/2021_student

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agap/bioinformatics/training_teaching/genomehubuse/vgh

Examples of how to use the Vanilla Genome Hub

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agap/bioinformatics/training_teaching/elixir_excelerate_pgaa_2018

Elixir french node (IFB) training on [Plant Genome Assembly and Annotation](https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/plant-genome-assembly-and-annotation). [ELIXIR-EXCELERATE](https://elixir-europe.org/about-us/how-funded/eu-projects/excelerate) project was funded by the European Commission within the Research Infrastructures programme of Horizon 2020 (grant agreement number 676559).

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