GitHub / genotoul-bioinfo / rnaseq
RNA sequencing analysis pipeline using STAR or HISAT2, with gene counts and quality control
JSON API: https://data.code.gouv.fr/api/v1/hosts/GitHub/repositories/genotoul-bioinfo%2Frnaseq
Fork de nf-core/rnaseq
étoiles: 0
forks: 1
issues ouvertes: 0
licence: mit
langage: Nextflow
taille: 48,7 Mo
dépendances analysées:
20
date de création: il y a presque 7 ans
date de mise à jour: il y a plus de 5 ans
enregistré: il y a presque 7 ans
dernière synchronisation: il y a 5 jours
Dockerfile
docker
- nfcore/base latest build
environment.yml
conda
- bioconductor-dupradar 1.8.0.*
- bioconductor-edger 3.20.7.*
- deeptools 3.1.3.*
- fastqc 0.11.8.*
- gffread 0.9.9.*
- hisat2 2.1.0.*
- multiqc 1.6.*
- openjdk 8.0.144.*
- picard 2.18.14.*
- preseq 2.0.3.*
- r-data.table 1.11.4.*
- r-gplots 3.0.1.*
- r-markdown 0.8.*
- rseqc 2.6.4.*
- samtools 1.9.*
- star 2.6.1b.*
- stringtie 1.3.4.*
- subread 1.6.2.*
- trim-galore 0.5.0.*