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sk8/journee_shiny_inrae/edition_2025

https://sk8.pages.mia.inra.fr/journee_shiny_inrae/edition_2025

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sk8/sk8-apps/ihap/epidesa/first-inf

L'application permet, à partir de données de mortalité en élevage de volailles rentrées par l'utilisateur, de calculer les dates les plus probables de la première infection par un virus influenza aviaire hautement pathogène. L'application est basée sur un modèle épidémiologique classique de type SEIR, et l'estimation de la date de la première infection utilise un algorithme d'Approximate Bayesian Computation. Lien d'accès à l'application https://first-inf.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/sa/astre/arbocarto-r-app

L'application permet de simuler la dynamique spatio-temporelle de populations de moustiques Aedes (albopictus et aegypti) dans divers environnements et la dynamique de transmission de trois arboviroses : dengue, zika, chikungunya. Lien vers l'application : https://arbocarto-r-app.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/agroecosystem/absys/agroforestreeadvice

AgroforesTreeAdvice est un comparateur d’avis sur les essences d’arbres à planter en agroforesterie: il regroupe, sous une interface unique et multilingue, plusieurs outils de sélection d'arbres (espèces, variétés, porte-greffes) développés dans plusieurs pays. https://agroforestreeadvice.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/agroecosystem/sas/eom-4-soil-visualisation-tool

Cette application permet aux utilisateurs de visualiser les caractéristiques physicochimiques de plus de 100 produits, ainsi que de comparer entre eux différents produits avec des boxplots. https://eom-4-soil-visualisation-tool.sk8.inrae.fr/

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sk8/sk8-apps/ettis/smgbl-pcdep

Application de reporting / datavisualisation qui a pour objectif de fournir une série d’indicateurs visuels et synthétiques représentatifs des volumes d’interventions sur les postes de secours ayant pris part au projet SWYM pour la collecte numérique de données via ODK. https://smgbl-pcdep.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/phacc/bilhn-app

This package is a Rshiny implementation of the BilHN crop model designed at INRAE, a decision-support tool developed at the Auzeville Experimental Unit. It is a crop model with daily time steps which allows to establish a diagnosis of water and nitrogen resources available to plants as a function of soil and climatic conditions and technical interventions. https://bilhn-app.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/lessem/explore-pab

ExplorePAB est une interface permettant d'explorer les données "Prime Air Bois" de l'ADEME et l'AGEDEN sur les territoires du Grésivaudan, Pays Voironnais, et Grenoble-Alpes-Métropole. Les visualisations sont faites à partir des dossiers de demande de primes suite au remplacement d'un équipement de chauffage au bois. Elles visent à mieux comprendre le comportement des demandeurs sur le territoire.et SK8 (Kickflip) https://explore-pab.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/ara/riverly/makaho

MAKAHO (pour MAnn-Kendall Analysis of Hydrological Observations) est un système de visualisation cartographique interactif permettant d’examiner les tendances présentes dans les données des stations hydrométriques aux débits peu influencés par les actions humaines. Le test de Mann-Kendall permet d’analyser la significativité des tendances de variables hydrologiques sur les différentes composantes du régime des cours d'eau (étiages, moyennes-eaux, crues), à mettre ensuite en relation avec les impacts du changement climatique sur l’hydrologie de surface. https://makaho.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/ijpb/rflomics

L'application rflomics est un package R couplé à une interface shiny permettant la gestion, l'analyse et l'intégration statistique de plusieurs jeux et types de données -omics: RNAseq, proteomics et metabolomics (pour le moment). Lien vers l'application : https://rflomics.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/ga/gabi/rosetta

Cette application permet l'exploration, l'interrogation, la visualisation et l’interprétation fonctionnelle d'un ensemble pre-processé de données épigénétiques (ATAC-seq) correspondant à la régulation temporelle des réseaux de transcription pendant la régénération des axones du système nerveux central chez le poisson zèbre. https://rosetta.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/isa/m2p2/rnem

Rnem permet de simuler les dynamiques des interactions entre nématodes phytoparasites (nématodes à galles) et système racinaire des plantes. L'évolution de la virulence des nématodes face à des rotations de cultivars résistants et sensibles est une des applications principales. Lien vers l'application : https://rnem.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/ecosocio/odr/sequences-rpg

https://sequences-rpg.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/tbi/explore-metabar

ExploreMetabar is a shiny application used to explore metabarcoding data (16S, ITS) with interactive plots, integrated statistical tests, and differential analysis. https://explore-metabar.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/tbi/graphstatsr

GraphstatsR est une application permettant le l'analyses de données de quantification métabolomiques prétraitées (MS, RMN). Elle permet la génération d'analyse descriptive (ACP), de représentations graphiques type boxplot avec tests statistiques associées, cela avec une interactivité permettant à l'utilisateur d'ajuster au mieux les analyses. Cette application peut traiter des données issues d'autres méthodes à condition de fournir des fichiers d'entrée au bon format. https://graphstatsr.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/mastics/mastics-tp-8-2

TP 2 du module 8 de la formation MASTICS https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/mod/url/view.php?id=9208 Lien vers l'application : https://mastics-tp-8-2.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/mastics/mastics-tp-5

TP du module 5 de la formation MASTICS https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/mod/quiz/view.php?id=9428 Lien vers l'application : https://mastics-tp-5.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/mastics/mastics-tp-4

TP du module 4 de la formation MASTICS https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/mod/url/view.php?id=9054 Lien vers l'application : https://mastics-tp-4.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/mastics/mastics-tp-8-1

TP 1 du module 8 de la formation MASTICS https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/mod/url/view.php?id=9206 Lien vers l'application : https://mastics-tp-8-1.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/mastics/mastics-tp3

https://mastics-tp3.sk8.inrae.fr TP du module 3 de la formation MASTICS https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=419&section=0

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sk8/sk8-apps/agroecosystem/agronomie/oad-deciduous

https://oad-deciduous.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/catis/baric/test/baric-2024

test dans le cadre de l'atelier Rshiny du cati baric Lien vers l'application : https://baric-2024.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/catis/baric/test/shinybaric-la-rochelle

Premier test d'application Shiny fait durant la formation BARIC La Rochelle réalisée par Joseph Tran et Amandine Velt Lien vers l'application : https://shinybaric-la-rochelle.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/get-trix/matrixapp

Link to running app: https://matrixapp.sk8.inrae.fr MATRiX is a shiny application dedicated to Mining and Analysis of Transcriptomics data using common biostatistic result files (statistical test result table, normalised data table and samples-groups information). This application helps biologists to perform data exploration with PCA, Venn diagrams, StripCharts, volcanoplots, and Heatmap clustering of genes lists (selecting statistical thresholds) and functional enrichment analyses using a connection to enrichr. https://matrixapp.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/ara/riverly/crues-r

A shiny application that make time series events selection and modification simpler. Lien vers l'application : https://crues-r.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/sombrero

Online version of the shiny application of the R package SOMbrero to performs Self Organizing Maps (https://sombrero.sk8.inrae.fr)

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sk8/sk8-apps/miat/chromatin-design

Re-design Chip-SEQ curves to design chromatin - Demo application of functionalities. (https://chromatin-design.sk8.inrae.fr)

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sk8/sk8-apps/lessem/loup-france-evolution

Cette application est une cartographie interactive de l'évolution de la présence du loup en France, à partir des données Carmen (répartition par mailles). https://loup-france-evolution.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/metexplore/samba

SAMBA (R) est une interface pour analyser les résultats de sampling de réseaux métaboliques générés à partir de SAMBApy sous Python. Elle est composée d'une une partie comparaison (calcul de différence) et une partie visualisation graphique des résultats. https://samba.sk8.inrae.fr/

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sk8/sk8-apps/metexplore/champ

https://champ.sk8.inrae.fr CHaMP is an RShiny app that loads a list of compound masses from twin-peaks analysis, and build a mass difference network from which is extracted the connected component containing a mass of interest. It provides a network visualization of the sub-network that encompass potential metabolic and spontaneous reactions that leads to degradation/metabolization products.

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sk8/sk8-apps/ettis/shinyidea

ShinyIDEA permet d'insérer un fichier de données issues de la méthode IDEA4 et de visualiser des premiers résultats synthétiques avant d'exporter des rapports complets sous différents formats. https://shinyidea.sk8.inrae.fr

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sk8/sk8-apps/miat/atcha/mf-12-1-ha

Exploration interactive de scenario de simulation du modèle MF1.2-1ha du projet Atcha. [https://mf-12-1-ha.sk8.inrae.fr/](https://mf-12-1-ha.sk8.inrae.fr/) | https://shiny.sk8.inrae.fr/app/atcha-mf-12-1-ha | https://shiny.sk8.inrae.fr/app_direct/atcha-mf-12-1-ha

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