forgemia.inra.fr
scanner3d/analysemorphologique
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biosp/static/test
http://biosp.pages.mia.inra.fr/static/test/
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dipso/eosc-pillar/dataverse-renku-connector
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pole-migrateurs/renosaum/bretagne/abundance
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enseignement-mistea/reports-with-markdown
Markdown and R markdown templates created for teaching purposes at INRA MISTEA.
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metagenopolis/meteor
Meteor (Metagenomic Explorator), a software for profiling metagenomic data at gene level
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migale/wf_caviar
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geapsi/ecp-paper/ortholegkb_data
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irhs-bioinfo/biseps
Bisulfite Sequencing Processing Software : Snakemake Pipeline
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beyond/beyond-es-indexation
Beyond project
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dipso/aspire
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metexplore/tools/metabolomics2network
Python code to map metabolites (including lipids) to metabolic networks using ontology.
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dipso/onyxia-helm-charts-interactive-services
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umr-astre/covid19-mortality
A quick overview of the changes of Covid-19 mortality in the most affected countries of the European Union + the United Kingdom and of Africa. https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/covid19-mortality/
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lidar/lidarHD
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umr-astre/force_of_infection_lidiski
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umr-astre/nimbletempdev
R package for modelling arthropod development rates (mean and variance) as a function of temperature in nimble. Adapted from the PhD work of Soledad Castano (http://www.theses.fr/223623849).
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umr-astre/asf-challenge
Collaborative repository of the ASTRE team for the ASF challenge. https://www6.inrae.fr/asfchallenge/
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genotoul-bioinfo/jvenn
jvenn is a plug-in for the jQuery Javascript library. It is a flexible tool, based upon the venny tool first developed by J.C Oliveros (Oliveros, J.C (2007) VENNY, An integrative tool for comparing lists with Venn Diagrams).
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umr-astre/sit-methods
https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/sit-methods/
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umr-astre/sit-reunion
Population suppression using boosted-SIT technique in La Réunion. https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/sit-reunion/
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umr-astre/fmd_risk_validation
Validation of a qualitative risk assessment of Foot-and-Mouth Disease in Tunisia with observed data. https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/fmd_risk_validation/
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genotoul-bioinfo/dgenies
Dotplot large Genomes in an Interactive, Efficient and Simple way
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umr-astre/culicoides-friction
Dispersion of _Culicoides imicola_ using friction maps https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/culicoides-friction
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umr-astre/capiche
Epidemics at the interface between domestic and wild swines in Corse (ContActs Pigs CorsE). https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/capiche/
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umr-astre/topomatch
Match toponyms by similarity
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umr-astre/geonetwork
Networks/graphs with geo-localised nodes https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/geonetwork/
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umr-astre/sit-sudan
https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/sit-sudan
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dipso/bridge-datainrae-nextcloud
App Nextcloud permettant de publier des fichiers du Nextcloud INRAE vers DataINRAE
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umr-astre/confint_ratio
Confidence intervals for a ratio of variables. https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/confint_ratio/
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umr-astre/difuse
Projet Difuse Activite 1: Caractérisation de la diversité des pratiques et des points de vue des acteurs manifestant leur volonté de s’engager dans le changement face aux urgences socio-écologiques au sein la Recherche Pour le Développement.
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datasets/envirotyping_sunrise
Dataset for the environmental characterization of the field experiments conducted in the SUNRISE project
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bios4biol/workflows
List of workflows (nextflow/snakemake) tested for Genotoul Cluster.
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umr-gdec/isbpfinder
isbpFinder is a Perl script dedicated to design ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) markers.
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anaee-dev/docker_registry
Projet pour déposer les images docker générées dans les autres projets anaee-dev
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genotoul-bioinfo/metagwgs-test-datasets
Repository containing input and output datasets to perform tests on metaGWGS
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anaee-dev/coby
Annotation pipeline (transform SGBDR/CSV data to rdf)
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urgi-anagen/caulifinder_docker
In frame of EVENT project, all code to build a docker image for the Caulifinder tool. It allows discovering Caulimoviridae sequences in plant genomes.
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genotoul-bioinfo/srna-tabac
This project is dedicated to targets prediction of bacterial non-coding RNA and their visualisation through a web interface.
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genotoul-bioinfo/dgenies-viewer
A viewer using D-Genies
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genotoul-bioinfo/jflow
We introduce jflow, a Workflow Management System (WMS), composed of Jquery plugins which can easily be embedded in any WEB application and a Python library providing all requested features to setup, run and monitor workflows.
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omnicrobe/extended-microorganisms-taxonomy
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asterics/user_documentation
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canular/presentation-canular
Projet pour élaborer le support de présentation du projet CANULAR. Le document est en LaTeX et le CI/CD permet de générer directement un fichier PDF.
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geekus-biologicae/gitrstudio
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singularity/bioinfo/bcftools_v1.15
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get-nextflow-ngl-bi/test-data
Repository of test data
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formationcalcul2023/formation-linux
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urgi-anagen/te_finder
A suite of C++ programs developed for transposable element search and their annotation in large eukaryotic genome sequence. A part of the REPET package.
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umrf/utopia
UTOPIA: an automatically UpdaTed, cOmPlete and consistent ITS reference dAtabase
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inter_cati_omics/hackathon_snakemake_singularity_stats
Singularity receipe for stats software stack used in snakemake short tutorial
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prose/deepomics-submission
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biocom/biocom-pipe_manual
Latex manual source code
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metexplore/met4j
Java library for metabolic networks
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umr-astre/spreadrate
Estimate the spread-rate of epidemics https://umr-astre.pages.mia.inra.fr/spreadrate/
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umr-astre/cirad
Cirad institutional LaTeX package
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umr-astre/amr-laos
Multiple Factor Analysis (MFA) of Knowledge-Attitude-Practice survey responses of Laos' farmers on Antimicrobial resistance.
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record-open-archives/recmoustics
archive du projet recmoustics Un modèle d'irrigation couplé au modèle bio-physique STICS
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record-open-archives/rec-crash
The computer-model tool CRASH (Crops Rotation and Allocation Simulator using Heuristics) aims at helping technical advisors in supporting farmers in their choices and anticipating agricultural water needs depending on crop acreage.
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agriterix/doc
Documentation and presentation materials of the project
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work4graph/bootcamp-neo4j-2022
Organisation d'un bootcamp autour de l'intégration et la visualisation de données avec Neo4J, adossé en amont d'une formation Neo4J en ligne. Site web : https://work4graph.pages.mia.inra.fr/bootcamp-neo4j-2022/
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metexplore/tools/degradation-products-search
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gafl/pipelines_snakemake/check_sequencing
Check fastq files for md5 and number of lines between fastq1 and fastq2
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dipso/eosc-pillar/dataverse-vitam-archiving
Archiving packages generation and export from Dataverse to Vitam platform.
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pole-migrateurs/modeles/quarto-extension
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inter_cati_omics/web/wiki
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pole-migrateurs/bibliometrics4hal
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sk8/sk8-apps/ijpb/rflomics
L'application rflomics est un package R couplé à une interface shiny permettant la gestion, l'analyse et l'intégration statistique de plusieurs jeux et types de données -omics: RNAseq, proteomics et metabolomics (pour le moment). Lien vers l'application : https://rflomics.sk8.inrae.fr
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sk8/sk8-apps/agroecosystem/absys/agroforestreeadvice
AgroforesTreeAdvice est un comparateur d’avis sur les essences d’arbres à planter en agroforesterie: il regroupe, sous une interface unique et multilingue, plusieurs outils de sélection d'arbres (espèces, variétés, porte-greffes) développés dans plusieurs pays. https://agroforestreeadvice.sk8.inrae.fr
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gryc-data/naumovozyma_castellii-cbs_4309
Naumovozyma castellii CBS 4309 complete genome and annotation data.
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gryc-data/lachancea_thermotolerans-cbs_6340
Lachancea thermotolerans CBS 6340 complete genome and annotation data.
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umr-1202-biogeco/snakemake_singularity_hpc
Tutorial example for creation of a snakemake workflow using a singularity container on a hpc
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agroecoperenne/scripting/python-module
A python module to explore and use the agroecoperenne database
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metexplore/cbm/fvabiomarkers
Juliette's internship project
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